Ulbølle Mølle er opført af Rasmus Pedersen Skov. Han lod den bygge til sin svigersøn, Peder Larsen, der fik skøde på møllen i 1863.
Få år forinden var møllenæringen blevet fri, og mange danske møller stammer fra denne tid. Møllen er en såkaldt ”hollandsk mølle”. Møllekroppen er bygget af mursten, en særlig hårdtbrændt type sten, der kaldes Flensborg-sten. Det vides ikke, hvor længe Peder Larsen havde møllen – det er noteret, at møllen har været handlet i tidsrummet 1863—1884. I 1884 købes Ulbølle Mølle af skibsfører Rasmus Larsen.
I slutningen af 1890’erne opføres bageri og beboelse (nuværende Møllevej 5). Bageri og mølle blev drevet sammen indtil 1922, hvor bageriet overtages af sønnen Simon Larsen, der var uddannet bager.
1923 sælges møllen til Rasmus Larsens svigersøn, Rasmus Møller Christensen gift med Rigmor Larsen. Rasmus Møller driver møllen med hjælp fra svogeren Kaj Larsen frem til 1952.
Under 1. verdenskrig var der varemangel, også på olie til at drive de nye elværker, så Ulbølle Mølle begyndte at producere elektricitet til el-værket i V. Skerninge, dog først efter at mølleriarbejdet var gjort.
Efter krigen blev der indlagt el-kraft i møllen og installeret en petroleumsmotor.
I 1926 var der havari på møllen, vinger og møllehat blæste ned og gik i stykker. Man fandt en egnet møllehat i Sønderborg og fik den påmonteret.
P.g.a. den verdensomspændende landbrugskrise i 30’erne omdannes Ulbølle Mølle til et aktieselskab omkring 1932. Rasmus Møller Christensen fortsætter som direktør i Ulbølle Mølle A/S.
Nyere tid
I 1952 køber Verner Nielsen Ulbølle Mølle. Verner Nielsen stammer fra Stenbjerge Mølle v. Tommerup. Tiden efter 2. verdenskrig giver mulighed for større landbrugsproduktion, og der sker i de følgende år mange udvidelser med nye driftsbygninger ved møllen, som efterhånden er en virksomhed med 16 ansatte.
I 1959 får møllen nye vinger i forbindelse med overgangen til vekselstrøm. På dette tidspunkt var der endnu lokale møllebyggere både i Ulbølle og V. Åby.
I 1970 omdannes Ulbølle Mølle igen til et aktieselskab med Verner Nielsen som hovedaktionær.
I 1989 sælger Verner Nielsen sin aktiebeholdning til Fynbo Olie A/S. Virksomheden drives videre under navnet Ulbølle Mølle som en moderne grovvareforretning.
I 1992 fusioneres Fynbo Olie med Fyns Andels Foderstofforretning og virksomheden hedder nu FAF.